2008年12月2日至4日，潘懋元教授赴京参加全国教育科学“十五”规划重点课题《一流大学建设的理论与实践研究》成果鉴定会。会议于12月3日上午在清华大学丙所举行。鉴定会由潘懋元教授主持，与会专家还有教育部前副部长周远清教授、北京大学校长周其凤教授、上海交通大学党委书记马德秀教授、清华大学校长顾秉林教授、北京大学陈学飞教授等学者。
《一流大学建设的理论与实践研究》课题是清华大学为建设成为世界一流大学而实施的研究。该课题始于2003年，其目的是通过理论与实践研究推动清华大学建设世界一流大学的进程。根据清华大学“三个九年，分三步走”的总体发展规划，该校将在2011年力争跻身世界一流大学行列，2020年总体建成世界一流大学。1994年到2002年这九年为第一阶段，其调整结构、奠定基础、初步实现向综合性的研究型大学过渡的目标已顺利实现；2003年到2011年为第二个九年，任务是重点突破，跨越发展，力争跻身于世界一流大学行列；2012年到2020年为第三个九年，目标为全面提高，协调发展，努力在总体上建成世界一流大学。
此次成果鉴定会是对《一流大学建设的理论与实践研究》课题研究成果进行评价，同时也可视为对清华大学建设世界一流大学工作的阶段性总结和评价。潘懋元教授等与会专家充分肯定了该课题所进行的研究，认为该研究出色地完成了预期研究目标，具有很高理论与实践价值，将对中国建设世界一流大学的政策与实践产生影响。各位专家还对该课题和清华大学发展实践提出了很多有价值的意见和建议，这将对清华大学继续迈向世界一流大学行列提供帮助。