潘懋元教授于2009年10月18日至10月21日应邀出席“中国民办教育发展大会暨中国民办教育协会（2009）年会”。潘懋元教授在大会上做了“民办高教逆流而上”的发言，通过翔实而严密的数据，展示了几年来民办高等教育的发展状况，尤其醒目的是在受到金融危机的影响之后，民办高等教育仍然保持了增长势头。同时，潘懋元教授也为民办高等教育发展指出可行之路，即在国家的法律框架之下，通过争取地方政府的支持，最大可能地寻求民办高等教育发展的地方性突破。
潘懋元教授对民办高等教育的研究由来已久，1988年发表在《上海高教研究》上的“关于民办高等教育体制的探讨”是国内最早公开发表的探讨民办高等教育发展的理论性文章，为民办高等教育的发展奠定了理论基础。此次，在中国民办教育发展的关键时期，潘懋元教授的观点无疑可以为很多民办学校坚定发展的信心，指明发展的道路。
参加此次会议的还有：全国政协副主席张榕明，全国人大常委会原副委员长、中国民办教育协会名誉会长许嘉璐，湖南省委副书记梅克保，湖南省副省长韩永文，中国民办教育协会总顾问、教育部原总督学柳斌，教育部部长助理吴德刚，中国民办教育协会会长、国家总督学顾问陶西平，中国民办教育协会常务副会长、全国人大教科文卫委员会副主任委员、民进中央委员会副主席王佐书以及来自全国各地民办教育界的500多位代表。中共中央政治局委员、国务委员刘延东，全国人大常委会副委员长严隽琪分别发来贺信。